Terdapat tiga titik genangan air di wilayah Daop 4 Semarang yang berdampak pada pengaturan operasional perjalanan kereta api di lintas utara. Pada petak jalan Tegowanu–Brumbung di BH 46 Km 21+9/0 serta petak jalan Gubug–Tegowanu di BH 59 Km 27+9/0, diberlakukan pembatasan kecepatan sementara Taspat 60 km per jam untuk jalur hulu dan hilir.

Sementara itu, pada petak jalan Karangjati–Gubug Km 32+5/7, jalur hilir sempat diberlakukan Semboyan 3 mulai pukul 10.08 WIB  dan update terakhir 11.27 WIB berangsur pulih dengan kecepatan terbatas 20km/jam serta jalur hulu tetap dalam kondisi normal.

Pengaturan tersebut dilakukan sebagai langkah preventif untuk memastikan keselamatan perjalanan. Secara bertahap, perjalanan kereta api di lintas tersebut kembali berjalan sesuai ketentuan operasional.